Modèles de graphes et réseaux biologiques

? Avoir suivi l'UE ? Algorithmie et programmation ? (M1S1) ou avoir des bases d'algorithmie et savoir programmer en python.

? comprendre les concepts de théories des graphes ? maitriser l’utilisation d’un logiciel d’analyse de graphes ? restituer des résultats via un code commenté et reproductible avec R markdown

COURS MAGISTRAUX (18 H)
? Introduction aux graphes: définitions, exemples d'application, notions de base.
? Modélisations par des graphes, exemples en biologie et en bio-informatique, notions de distance et de dissimilarité.
? Représentation d'un graphe en machine.
? Notion d'algorithme et de complexité.
? Les arbres et les parcours d'arbres; applications aux phylogénies et aux codages/décodages d'arbres (format Newick), étude de la connexité d'un graphe.
? Décomposition d'un graphe suivant ses cliques séparatrices et applications à la modélisation et à la visualisation de données biologiques.

TRAVAUX DIRIG?S ( 4 H)
? Exercices d'application sur le cours


TRAVAUX PRATIQUES ( 6 H)
? création et manipulation de graphes sous R avec la librairie igraph (3hrs de TP)
? PROJET INDIVIDUEL (3h de suivi) :
? traitement de données pour créer un graphe (Python)
? analyse du graphe sous R avec la librairie igraph
? restituer les résultats sous la forme d’un rapport écrit en Rmarkdown
? expliquer ces résultats à l’oral

? comprendre les concepts de théories des graphes ? maitriser l’utilisation d’un logiciel d’analyse de graphes ? restituer des résultats via un code commenté et reproductible avec R markdown