Avoir suivi l'UE ? Algorithmie et programmation en Python? (M1S1) ou avoir des bases d'algorithmie et savoir programmer en python.
Objectifs
? Initiation au travail d’équipe
? Comprendre le principe et savoir utiliser des outils bio-informatiques dédiés à l’analyse de séquences
? Apprendre à construire une chaine de traitement efficace
? Utiliser une sélection de langages de programmation utilisés en bioinformatique (R, Bash)
? Développer un sens critique par exemple en appliquant des analyses statistiques
? Développer une méthode d’analyse et une argumentation scientifique
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Parfaire ses compétences en création de cha?ne de traitement de données et acquérir des compétences en technologie web via un projet technique
TRAVAUX DIRIG?S ET PRATIQUES (60 H) ? principe du shell et principales commandes (grep, sed, uniq, sort, |, >) ? utilisation de awk ? créer une cha?ne de traitement de données ? création d'un pipeline Python avec Snakemake ? communiquer à distance (scp, ssh) ? architecture Web ? introduction HTML, CSS et JavaScript ? travailler à plusieurs et de manière reproductible en utilisant les solutions logicielles adaptées (Git)
dont 10 heures de PROJET COLLABORATIF) Chaque étudiant a une t?che bien identifiée dans le cadre d’un projet collaboratif qui se fait en deux étapes : ? Partie Pipeline (février-mars) : ? traitement de données en Python et Shell pour générer des résultats ? Partie Web (avril-mai) : ? rendre les résultats précédents consultables sous la forme d’un site Web dynamique
Le code de ces deux projets sera rendu sous la forme d’un projet Git
? Initiation au travail d’équipe
? Comprendre le principe et savoir utiliser des outils bio-informatiques dédiés à l’analyse de séquences
? Apprendre à construire une chaine de traitement efficace
? Utiliser une sélection de langages de programmation utilisés en bioinformatique (R, Bash)
? Développer un sens critique par exemple en appliquant des analyses statistiques
? Développer une méthode d’analyse et une argumentation scientifique
