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1) Analyse du protéome (6hCM, 6hTD)
- Enjeux de l’étude d’un système biologique à l’échelle de ses protéines ; Exemples de questions scientifiques ; Définition du protéome et sa complexité.
- Design expérimental (notions de répétitions biologiques et techniques).
- Préparation des échantillons protéiques.
- Techniques d’analyse du protéome : techniques in-gel et analyses d’images ; techniques off-gel ; analyses quantitatives et semi-quantitatives (après marquage).
- Identification des protéines à l’aide des données de MS et/ou MS/MS.
- Analyses de modifications post-traductionnelles.
TD : étude de différentes approches protéomiques ; métaprotéomique ; identification de biomarqueurs, identification bactérienne et imagerie MALDI.
2) Métabolomique (6hCM, 4h30TD)
- Enjeux de l’étude d’un système biologique à l’échelle de ses métabolites ; Exemples de questions scientifiques ; Définition du métabolome et sa complexité.
- Design expérimental et préparations des échantillons.
- Techniques d’analyse du métabolome : RMN ; MS et MS/MS ; analyses quantitatives et semi-quantitatives (RMN quantitative, analyse MS-MRM).
- Traitements du signal (corrections, normalisations, extraction et découpage) et traitements statistiques des données.
- Identification de biomarqueurs (retour sur MS/MS et 2d-RMN, bases de données, indice de confirmation et recoupement des données).
- Fouilles de données (retour vers les réseaux métaboliques, la physiologie et les facteurs étudiés).
TD : spectrométrie de masse appliquée à la métabolomique, RMN appliquée à la métabolomique, traitement des données et analyses statistiques multivariées dans une étude métabolomique, analyse globale en métabolomique.
3) Exploitation de données (4h30 TP)
Exploitation de données protéomiques (1h30)
Exploitation de données métabolomiques dans l’environnement galaxy (3h)
4) Restitution du projet étudiant (3h TD)
Les étudiants travailleront en groupe tout au long du semestre afin de proposer un plan d’expérience en protéomique et/ou en métabolomique sur une problématique concernant une des trois thématiques d’intérêt des Masters proposant cette UE (Microbiologie, Santé humaine et Bio-informatique). La restitution se fera devant l’ensemble de la promotion.
Dispositifs pédagogiques:
- guide pédagogique avec planification des activités.
- mise à disposition de contenus complémentaires. Les enseignements CM/TD/TP seront notamment complétés par des ressources numériques (capsules vidéos, documents complémentaires et quizz ; ressources créées dans le cadre du projet Learn In Auvergne ? ENVIROPMICE ?) mises à disposition sur la plateforme Moodle.
- apprentissage par programme de lecture.
- apprentissage par projet.
